คำถามที่พบบ่อยเกี่ยวกับ AWS HealthOmics

HealthOmics มีเวิร์กโฟลว์สองประเภท ได้แก่ เวิร์กโฟลว์ส่วนตัวและเวิร์กโฟลว์ Ready2Run เวิร์กโฟลว์ส่วนตัวเป็นเวิร์กโฟลว์ที่ช่วยให้คุณสามารถนำสคริปต์ชีวสารสนเทศของตนเองที่เขียนด้วยภาษาเวิร์กโฟลว์ที่ใช้กันทั่วไปที่สุดมาใช้ได้ เวิร์กโฟลว์ Ready2Run เป็นไปป์ไลน์ชีวสารสนเทศที่สร้างไว้ล่วงหน้าโดยอิงจากข้อมูลการวิเคราะห์อุตสาหกรรมทั่วไป ซึ่งช่วยให้คุณสามารถเริ่มต้นได้อย่างรวดเร็วโดยไม่ต้องเขียนโค้ดเอง 

สามารถเขียนเวิร์กโฟลว์ส่วนตัวของ HealthOmics ได้ในแบบ Nextflow, WDL และ CWL สำหรับข้อมูลเวอร์ชันที่รองรับ โปรดดูเอกสารประกอบ

HealthOmics มีเวิร์กโฟลว์ Ready2Run ที่หลากหลาย ตั้งแต่ GATK และ AlphaFold ของ Broad Institute ไปจนถึงเวิร์กโฟลว์จากผู้เผยแพร่บุคคลที่สาม เช่น NVIDIA, Element Biosciences, Sentieon และ Ultima คุณสามารถดูรายการเวิร์กโฟลว์ Ready2Run ทั้งหมดที่มีอยู่ได้ที่นี่

ได้ HealthOmics สามารถเรียกใช้ bioFM ได้ เช่น NVIDIA NIM, AlphaFold และ ESMFold ได้ คุณสามารถประสาน bioFM หลายรายการภายในเวิร์กโฟลว์เพื่อปลดล็อกไปป์ไลน์การค้นคว้ายาในวงกว้างได้ ตัวอย่างเช่น ขั้นตอนการทำงานการค้นคว้ายาที่ใช้ bioFM โปรดดูพื้นที่เก็บข้อมูลเวิร์กโฟลว์การค้นคว้ายาได้บน GitHub

หากต้องการเรียกใช้เวิร์กโฟลว์ส่วนตัวแรกของคุณ คุณจะต้องมีสคริปต์เวิร์กโฟลว์ที่เขียนในแบบ Nextflow, WDL หรือ CWL นอกจากนี้ เครื่องมือและการทำงานร่วมกันทั้งหมดจะถูกจัดเก็บและจัดเก็บไว้ในที่เก็บ ECR ส่วนตัว สามารถระบุข้อมูลอินพุตได้ใน S3 หรือจากที่เก็บลำดับ HealthOmics

คุณสามารถจัดการทรัพยากรเวิร์กโฟลว์ส่วนตัวด้วยใช้ Run Group Run Group ช่วยให้คุณควบคุมการเรียกใช้งานพร้อมกันสูงสุด ระยะเวลาการวิ่งสูงสุด vCPU และ GPU ของการวิ่งที่กำหนดให้กับ Run Group นอกจากนี้ HealthOmics ยังมีเครื่องมือกำหนดสิทธิ์ เช่น Run Analyzer ที่ช่วยให้คุณเพิ่มประสิทธิภาพการจัดสรรทรัพยากรของคุณเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพการทำงานอีกด้วย 

เวิร์กโฟลว์ส่วนตัวของ HealthOmics มีตัวเลือกพื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานสองตัวเลือก ได้แก่ พื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานแบบคงที่และพื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานไดนามิก ด้วยพื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานแบบคงที่ ระบบไฟล์ขนาดคงที่จะถูกจัดเตรียมเมื่อเริ่มต้นการทำงาน และถูกใช้โดยงานสำหรับการจัดเก็บไฟล์ระดับกลางในระหว่างการเรียกใช้ เมื่อเสร็จสิ้นการเรียกใช้งาน เอาต์พุตการเรียกใช้งานจะถูกส่งออกไปยัง S3 และจะมีการยกเลิกการจัดเตรียมระบบไฟล์ พื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานไดนามิกจะปรับขนาดขึ้นและลงโดยอัตโนมัติตามความต้องการพื้นที่จัดเก็บข้อมูลของคุณตลอดระยะเวลาการทำงานและให้เวลาการจัดเตรียมที่เร็วขึ้น ขอแนะนำให้ใช้พื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานไดนามิกสำหรับรอบการพัฒนาที่รวดเร็วและทำซ้ำและไปป์ไลน์ขนาดเล็กที่ทำงานระยะสั้น พื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานแบบคงที่เหมาะสำหรับเวิร์กโฟลว์ขนาดใหญ่ โดยจะมีอัตราการโอนถ่ายข้อมูลระบบไฟล์ที่สูงกว่าต่อ GiB และมีค่าใช้จ่ายต่อ GiB ที่ต่ำกว่าพื้นที่เก็บข้อมูลการใช้งานแบบไดนามิก

เวิร์กโฟลว์ HealthOmics จะส่งบันทึกแบบเรียลไทม์ไปยัง CloudWatch ระหว่างการเรียกใช้งานและบันทึกเพิ่มเติมหลังจากเสร็จสิ้นเรียกใช้งาน คุณสามารถใช้ EventBridge เพื่อสร้างการแจ้งเตือนอัตโนมัติสำหรับเงื่อนไขที่คุณกำหนดได้ 

ใช่ คุณสามารถแชร์เวิร์กโฟลว์ HealthOmics กับบัญชี AWS ที่แตกต่างกันในรีเจี้ยนเดียวกันได้โดยใช้ฟีเจอร์การแชร์ทรัพยากร หากต้องการแชร์เวิร์กโฟลว์ คุณจะต้องมี ID บัญชีของบัญชี AWS ที่คุณต้องการแชร์ การแชร์เวิร์กโฟลว์จะส่งคำเชิญการแชร์ไปยังผู้รับ ผู้รับต้องยอมรับคำขอแชร์ก่อนจึงจะสามารถเรียกใช้เวิร์กโฟลว์ที่แชร์ได้ เจ้าของเวิร์กโฟลว์สามารถเพิกถอนการเข้าถึงได้ตลอดเวลา และผู้รับไม่สามารถแก้ไขหรือลบเวิร์กโฟลว์ที่แชร์ได้ 

ไฟล์ที่ใช้เป็นอินพุตการเรียกใช้งานจาก S3 และที่เก็บลำดับ HealthOmics จะได้รับ ETag ที่ไม่ซ้ำกันสำหรับการระบุไฟล์ คอนเทนเนอร์ที่จัดเก็บไว้ในพื้นที่เก็บข้อมูล ECR ส่วนตัวของคุณจะได้รับแฮชแบบเฉพาะ และเวิร์กโฟลว์จะไม่เปลี่ยนแปลงหลังจากสร้างขึ้นเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถทำซ้ำได้อย่างสมบูรณ์ การเรียกใช้งานทุกครั้งจะได้รับการกำหนด uuid ที่ไม่ซ้ำกันทั่วโลก ซึ่งสามารถใช้เพื่อระบุการเรียกใช้งานที่ไม่ซ้ำกัน ผลลัพธ์การเรียกใช้งาน และข้อมูลบันทึกที่เกี่ยวข้อง uuid นี้สามารถเชื่อมต่อกับระบบข้อมูลห้องปฏิบัติการภายใน (LIMS) โน้ตบุ๊กห้องปฏิบัติการอิเล็กทรอนิกส์ (ELN) หรือระบบการจัดการตัวอย่างเพื่อให้เป็นไปตามข้อกำหนดในการตรวจสอบย้อนกลับและดำเนินการตามข้อกำหนดด้านความสามารถในการทำซ้ำ  

ลูกค้าสามารถใช้เวิร์กโฟลว์และการจัดเก็บข้อมูลร่วมกันหรือเป็นโซลูชันแบบสแตนด์อโลนได้ เวิร์กโฟลว์ HealthOmics สามารถทำงานร่วมกันได้กับ S3 และลำดับ HealthOmics และพื้นที่เก็บข้อมูลอ้างอิง สามารถใช้ลำดับ HealthOmics และพื้นที่เก็บข้อมูลอ้างอิงกับเวิร์กโฟลว์ HealthOmics, AWS Batch และโซลูชันการประมวลผลอื่นๆ ได้

HealthOmics มีพื้นที่จัดเก็บข้อมูลสองประเภท ได้แก่ พื้นที่จัดเก็บข้อมูลที่เน้นอ็อบเจกต์และพื้นที่จัดเก็บข้อมูลที่สามารถสืบค้นได้ พื้นที่จัดเก็บข้อมูลที่เน้นอ็อบเจกต์คือพื้นที่เก็บข้อมูลอ้างอิงและลำดับ ได้รับการออกแบบมาเพื่อการจัดเก็บและจัดระเบียบไฟล์โมเลกุลอย่างคุ้มค่า พื้นที่จัดเก็บข้อมูลที่สามารถสืบค้นได้คือพื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบแปรผันและเป็นที่เก็บคำอธิบายประกอบ โดยได้รับการออกแบบมาเพื่อเปลี่ยนข้อมูลรูปแบบและคำอธิบายประกอบให้กลายเป็นพื้นที่เก็บข้อมูลที่ได้รับการปรับปรุงประสิทธิภาพสำหรับการสืบค้นและการจัดกลุ่มตามรุ่น พื้นที่จัดเก็บข้อมูลเหล่านี้ได้รับการออกแบบเพื่อส่งมอบพื้นที่จัดเก็บข้อมูลตัวอย่าง FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) (ค้นหาได้ เข้าถึงได้ ใช้งานร่วมกันได้ และนำกลับมาใช้ใหม่ได้) การสืบค้น การจัดกลุ่ม และการดึงข้อมูลในระดับเพตะไบต์ 

ที่เก็บข้อมูล HealthOmics สามารถช่วยประหยัดได้หลายวิธี พื้นที่จัดเก็บข้อมูลเป็นลำดับจะใช้การจัดระดับและการบีบอัดที่ขับเคลื่อนโดยการใช้งานเพื่อลดต้นทุนพื้นที่จัดเก็บข้อมูลสำหรับอ็อบเจกต์ที่ไม่มีการเข้าถึงเป็นเวลา 30 วัน ซึ่งสามารถทำให้ประหยัดได้อย่างมากเมื่อเทียบกับพื้นที่จัดเก็บอ็อบเจกต์ AWS แบบเดิม

พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบแปรผันและคำอธิบายประกอบของ HealthOmics เป็นพื้นที่จัดเก็บข้อมูล ETL แบบไร้รอยต่อ ดังนั้นคุณจะจ่ายเฉพาะพื้นที่จัดเก็บและข้อมูลที่สแกนเมื่อทำการสืบค้นเท่านั้น วิธีหลักในการประหยัดเงินคือการขจัดความจำเป็นในการใช้ ETL และแยกข้อมูลรูปแบบและคำอธิบายประกอบ เพื่อให้การเปลี่ยนแปลงคำอธิบายประกอบไม่จำเป็นต้องทำซ้ำข้อมูลรูปแบบ นอกจากนี้ เนื่องจากพื้นที่จัดเก็บข้อมูลรูปแบบต่างๆ ถูกแบ่งพาร์ติชันตามข้อมูลตัวอย่าง การสืบค้นตามตัวอย่างจะสแกนข้อมูลน้อยลง ซึ่งนำไปสู่การประหยัดต้นทุนในดาวน์สตรีมเพิ่มเติม

พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแต่ละแห่งได้รับการออกแบบสำหรับประเภทข้อมูลที่แตกต่างกัน พื้นที่จัดเก็บข้อมูลอ้างอิง HealthOmics รองรับไฟล์ FASTA พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบลำดับ HealthOmics รองรับไฟล์ FASTQ, uBAM, BAM และ CRAM พื้นที่จัดเก็บข้อมูลรูปแบบต่างๆ รองรับการแยกข้อมูลจากไฟล์ VCF พื้นที่จัดเก็บข้อมูลคำอธิบายประกอบรองรับการแยกข้อมูลจาก GFF, TSV, CSV, VCF

ปริมาณข้อมูลทั้งหมดและจำนวนอ็อบเจกต์ที่คุณสามารถจัดเก็บได้ใน AWS HealthOmics นั้นมีจำนวนแทบจะไม่จำกัด แม้ว่าพื้นที่จัดเก็บข้อมูลแต่ละแห่งจะมีโควตาที่ปรับเปลี่ยนได้สำหรับขนาดไฟล์และจำนวนไฟล์ที่รองรับ แต่คุณสามารถเพิ่มไฟล์ต่อไปได้ตามต้องการ โดยลูกค้าจะจัดเก็บในพื้นที่จัดเก็บข้อมูลขนาด 10 เพตะไบต์เป็นประจำ

พื้นที่จัดเก็บข้อมูล HealthOmics สร้างขึ้นโดยมีความทนทานและความยืดหยุ่นของ Amazon S3 ซึ่งรวมถึงอ็อบเจกต์ที่จัดเก็บซ้ำซ้อนบนอุปกรณ์หลายเครื่องและ Availability Zone ใน AWS Region พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบลำดับจะรักษาและตรวจสอบเอกลักษณ์เชิงความหมายของอ็อบเจกต์ เพื่อให้มั่นใจว่าเนื้อหาของไฟล์จะถูกเก็บรักษาไว้ตลอดรอบการเปิดใช้งานและการเก็บถาวร

พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบลำดับของ HealthOmics สามารถผสานการทำงานร่วมกับเครื่องมือวิเคราะห์ส่วนใหญ่ได้โดยตรงผ่าน URI การเข้าถึง S3 สำหรับอ็อบเจกต์หรือใช้เครื่องมือคู่กัน แต่ละอ็อบเจกต์ที่จัดเก็บไว้ในที่เก็บลำดับมี S3 URI ที่ไม่ซ้ำกันซึ่งสามารถใช้เพื่ออ่านโดยใช้ระบบที่เข้ากันได้กับ S3 ส่วนใหญ่ หากระบบต้องการอินเทอร์เฟซแบบไฟล์ คุณสามารถใช้ Mountpoint สำหรับ S3 เพื่อสร้างชุดการอ่านหรือคำนำหน้าพื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบลำดับที่พร้อมใช้งานเป็นไฟล์ที่เมาท์สำหรับการอ่าน หากจำเป็นต้องมีการปรับแต่งก็สามารถผสานการทำงานได้โดยใช้ SDK ของ Amazon หรือ HealthOmics Transfer Manager

พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบลำดับของ HealthOmics ได้รับการออกแบบมาสำหรับการจัดเก็บข้อมูลโมเลกุลแบบคงที่ซึ่งเข้าถึงได้เป็นระยะๆ และบ่อยครั้ง พื้นที่จัดเก็บข้อมูลแบบลำดับมีการบีบอัดและการจัดระดับในตัว ขณะเดียวกันก็มีการปรับขนาดการอ่านอ็อบเจกต์บน S3 ดังนั้นจึงเหมาะสำหรับข้อมูลทุกขนาดที่มีความถี่ในการเข้าถึงระดับต่างๆ ตั้งแต่การใช้งานรายวันไปจนถึงรายปี การนำเข้าแต่ละครั้งจะสร้างชุดการอ่านใหม่ และจะมีการเรียกเก็บเงินการจัดเก็บลำดับตามระยะเวลาการจัดเก็บขั้นต่ำ 30 วัน ดังนั้นจึงไม่ได้มีไว้สำหรับไฟล์ชั่วคราว ไฟล์เริ่มต้น หรือไฟล์ที่อัปเดตบ่อยครั้ง

Amazon S3 เหมาะอย่างยิ่งสำหรับไฟล์แบบไดนามิกที่เปลี่ยนแปลงบ่อย ไฟล์ที่มีอายุสั้น และสำหรับไฟล์ที่ไม่ใช่โมเลกุลซึ่งไม่ตรงตามรูปแบบที่รองรับ Amazon S3 Glacier มีตัวเลือกพื้นที่จัดเก็บข้อมูลที่แตกต่างกันสำหรับไฟล์ที่ต้องได้รับการบำรุงรักษาเพื่อเหตุผลด้านการเก็บข้อมูลและการปฏิบัติตามข้อกำหนด แต่มีความต้องการการเข้าถึงที่ต่ำมาก

ใช่ AWS HealthOmics เป็นบริการที่มีสิทธิ์ใช้ HIPAA หากคุณจัดเก็บข้อมูลสุขภาพที่ได้รับการคุ้มครอง (PHI) บน AWS คุณต้องมี BAA คุณสามารถเข้าสู่ BAA ทางออนไลน์ได้อย่างรวดเร็วโดยใช้ AWS Artifact

ผู้ตรวจสอบจากภายนอกประเมินความปลอดภัยและการปฏิบัติตามข้อกำหนดของ AWS HealthOmics โดยเป็นส่วนหนึ่งของโปรแกรมการปฏิบัติตามข้อกำหนดของ AWS หลายโปรแกรม ซึ่งรวมถึง HIPAA, FedRAMP และอื่นๆ ดูรายการการตรวจสอบการปฏิบัติตามข้อกำหนดทั้งหมดได้ที่นี่